ブラウザ上で動く、操作して使うシステムのことです。読むだけのWebサイトと違い、入力・検索・登録などの機能があります。
見る人によって表示が変わる、データを保存する、ログインや権限の考え方が必要になる、という点がWebサイトとの違いです。そのぶん設計・開発・保守の工数が大きく変わるため、「サイトに機能を1つ足すだけ」のつもりでご相談いただくと、見積りが大きくずれます。
Webサイトが「パンフレット」なら、Webアプリは「手続きまでできる受付カウンター」です。読ませるだけか、その場で処理まで行うかの違いです。
「これはWebサイトではなくWebアプリになりますので、設計から入らせてください」「ログインが必要な時点でWebアプリの領域です」— 見積り前の線引きとして重要な言葉です。